Intégré·e à l'équipe DEFI de l'UMR AGAP Institut en Guadeloupe, le/la VSC interviendra au cœur des activités de génomique et de bioinformatique du projet EvoSexYam, qui vise à comprendre l'origine, la divergence et la dynamique évolutive des chromosomes sexuels chez les ignames.
La mission débutera par l'assemblage, le polissage et le phasage de quatre génomes d'igname, à partir de données de séquençage longue lecture (PacBio HiFi) et de données de proximité chromosomique (Pore-C). La qualité des assemblages sera évaluée à l'aide d'outils standards (BUSCO, QUAST, etc.), et des améliorations itératives seront proposées si nécessaire.
Le/la VSC réalisera ensuite l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes (gènes, éléments transposables, régions répétées) et mènera des comparaisons entre haplotypes, avec un focus particulier sur les chromosomes sexuels et leurs régions spécifiques.
Le/la VSC exploitera également des données de génomique et de transcriptomique (WGS, RNA-seq) pour identifier des régions associées au sexe en intégrant différentes approches analytiques (GWAS, QTL, Kmer, couverture de reads, expression différentielle).
Une part importante de la mission sera consacrée à la génomique comparative et évolutive, incluant des analyses inter- et intra-spécifiques, l'étude des inversions chromosomiques, des régions non recombinantes, et l'estimation de la divergence entre chromosomes sexuels.
Enfin, la mission comprend une forte dimension de valorisation scientifique et de transfert de compétences : participation à la rédaction d'articles scientifiques, production de figures de qualité publication, développement de pipelines reproductibles, dépôt de données, et encadrement ou appui technique aux stagiaires et partenaires, notamment dans un contexte de collaboration Nord-Sud.

Formation
Master 2 ou Ingénieur en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle, data science appliquée aux sciences du vivant.
Compétences techniques requises
• Très bonne maîtrise de Linux / HPC
• Solide expérience en génomique et bioinformatique
• Langages : Python, R, Bash
• Expérience avec des outils d'assemblage, d'annotation et de comparaison de génomes
• Bonne compréhension des analyses génétiques et évolutives
Atouts appréciés
• Expérience en génomique des plantes
• Connaissances en chromosomes sexuels, recombinaison, évolution
• Utilisation de workflows reproductibles (Snakemake, Nextflow)
• Git / GitHub / gestion de versions
Qualités personnelles
• Autonomie, rigueur scientifique
• Capacité à travailler en équipe
• Intérêt pour la biologie évolutive et les cultures tropicales
• Dynamisme, créativité et esprit d'initiative